Langrisser V bao gồm 36 Scenario chính thức và 05 Screnario ẩn được kích hoạt bằng cách đứng vào những vị trí đặc biệt trong một số Scenario nhất định. Khác với Langrisser IV, Langrisser V chỉ cho phép người chơi đi theo một hướng, không có những phân nhánh như phiên bản trước. Tuy nhiên, Langrisser V vẫn đưa ra những cơ hội lựa chọn để người chơi quyết định và dựa vào đó, một số tình tiết nhỏ, bao gồm cả kết thúc, có thể thay đổi. Đây cũng là phiên bản duy nhất trong series mà người chơi tham gia vào các trận đánh ở cả hai đại lục El Sallia và Yeless.

Langrisser V mở đầu bằng một đoạn demo về lời sấm truyền ít nhiều hé lộ những thông tin chính thức được công bố trong quá trình chơi.

"Người chị màu đỏ là chiến sĩ không có lòng từ bi, uy nghiêm nhìn xuống chúng ta. Cô em màu xanh là chiến sĩ màu xanh, lạnh lùng nhìn xuống chúng ta. Phi thuyền bay trong không gian, là đôi cánh tử thần. Đưa linh hồn chúng ta vào địa ngục. Chúng ta ngẫn mặt nhìn lên, thấy những kẻ bị thảm sát. Đương trừng mắt phẫn nộ nhìn trời..."

Nữ chiến binh màu xanh và màu đỏ trong đoạn sấm truyền trên ám chỉ hành tinh Crimson trong câu chuyện và sẽ được tiết lộ vào phần cuối của game.

Câu chuyện của Langrisser V trực tiếp liên quan với nội dung của Langrisser IV. Bối cảnh bắt đầu câu chuyện này là khi Landius và nhóm của mình đánh bại Bozel rồi tiến đánh Gizarof ở đại lục Yeless. Tuy Langrisser IV có nhiều hướng đi khác nhau và nhiều đoạn kết nhưng câu chuyện trong Langrisser V chỉ tiếp diễn những gì xảy ra sau đó của hướng đi chính thống, tức hướng C của phần trước. Vì vậy có thể xem phần V này là một phần mở rộng, một phiên bản ngoại truyện của phần IV và qua đó người chơi biết thêm nhiều điều về những bí mật chưa được khai mở trong phần trước.

Câu chuyện của Langrisser V bắt đầu khi Sigma, một sản phẩm cải tạo của nguyên soái liên bang Regenburg là Gizarof được đánh thức trong phòng nghiên cứu của hắn. Vừa tỉnh dậy từ phòng thí nghiệm, Sigma và Lamda đã bị hai kẻ lạ mặt truy đuổi nhưng may mắn thoát được do sự xuất hiện của một sản phẩm cải tạo thứ ba của Gizarof. Sigma và Lamda được Gizarof cải tạo từ những con người bình thường và được "lập trình" sẵn để tuân theo và thi hành mọi mệnh lệnh của Gizarof.

Thắc mắc về nguồn gốc cũng như mục đích sự tồn tại của mình, Sigma và Lamda rời khỏi phòng nghiên cứu và tìm đến Gizarof. Tại đây Sigma được biết mình là sản phẩm cải tạo tối cao của Gizarof, một cỗ máy chiến binh được tạo ra với nhiệm vụ đoạt lại thủy tinh thể hiền giả vốn đã bị Aiva cướp đi (ở hướng C trong Langrisser IV). Nhưng trên đường đi đoạt lại thủy tinh thể hiền giả đã rơi vào tay ma tộc, Sigma lại hay tin ông chủ Gizarof của mình đã bị Landius tiêu diệt. Mất phương hướng, Sigma và Lamda quyết định truy tìm thánh kiếm Langrisser vốn được tách ra từ thủy tinh thể hiền giả cùng với ma kiếm Alhazard để tìm hiểu về quá khứ của mình, để lấy lại ký ức đã mất. Trên đường đi, Sigma và Lamda tiếp nhận thêm nhiều bạn bè mới và ngày càng hiểu thêm về quá khứ của mình. Đến nửa cuối của game thì Sigma hiểu được chân tướng của kẻ đã đuổi theo mình khi mới tỉnh giấc trong phòng nghiên cứu của Gizarof và tìm mọi cách để ngăn chận âm mưu thống trị toàn thế giới của hắn. Lúc này câu chuyện cho thấy nhiều kịch tính như sự hình thành liên minh tam quốc chống lại liên bang Regenburg và có liên quan đến lời nguyền của dòng họ Landford và Alfred, nền văn minh ma thuật cổ đại với những bí mật liên quan đến Mặt Trăng Crimson, những cỗ máy, binh khí từ nền văn minh ma thuật...Ở phần cuối, câu chuyện còn giải thích nguồn gốc của Langrisser và Alhazard cùng nhiều bí mật liên quan, kết thúc một truyền thuyết cho cả series Langrisser.